Costruita tra la fine del X e l'inizio dell'XI Secolo con dimensioni limitate, la Chiesa di Santo Stefano in Alatri presentava inizialmente forme romaniche. Ristrutturata ed ingrandita nel 1284 per volontà del Cardinal Gottifredo di Raynaldo, assunse i caratteri dell'architettura gotica. Un'epigrafe scolpita in caratteri gotici su due lastre collocate sugli stipiti del portale ricorda l'ampliamento. Il testo dell'epigrafe è stato redatto in versi leonini ossia esametri e pentametri in rima ed è dedicata al Cardinal Gottifredo. Nel XVI Secolo la Chiesa venne privata della navata di sinistra per la costruzione del Monastero dell'Annunziata, fortemente voluto dal Vescovo Ignazio Danti e da egli stesso progettato nel 1586 ed ancora molto attivo, tanto da ricevere nel 1984 la visita di Papa Giovanni Paolo II. Successivi rimaneggiamenti, apportati nei due secoli seguenti, hanno finito di snaturare il primitivo edificio medievale, lasciando intatto unicamente il portale tribolato, tuttavia ricollocato sul lato destro della Chiesa, così come il leone crocigero medievale posto sull'apice del timpano. L'interno della Chiesa è tardobarocco e custodisce numerose opere d'arte, tra cui una pala del Seicento, con sopra rappresentati i Santi Stefano, Benedetto e Scolastica, sull'Altare Maggiore e sulla parete di sinistra una tela raffigurante la Vocazione di Matteo dipinta nel 1739 da Filippo Palazzetti, Sul campanile della Chiesa, infine, è installata una campana detta di San Benedetto e risalente al VI Secolo, che, secondo la tradizione, sarebbe stata donata da San Benedetto da Norcia al protocenobio di San Sebastiano, retto dal Diacono Servando, durante la sua visita del 568.